Tout au long de son histoire, le fonctionnement du musée a été soutenu par diverses associations, fondations et autres ASBL. Ces organismes ont rempli différentes missions, telles que l’acquisition d’objets, le financement de fouilles archéologiques ou encore le recrutement de personnel supplémentaire lorsque le budget du musée ne suffisait pas. Une partie de leurs archives se trouve dans les archives de la direction, mais certains fonds d’archives spécifiques existent également :
- FÉRÉ/ESKE (maintenant AÉRÉ/EGKE) - La Fondation Égyptologique Reine Élisabeth a été créée en 1923 à l’initiative de Jean Capart, afin de promouvoir la recherche égyptologique en Belgique. Au fil des années, la FERE est devenue un institut de recherche d’envergure internationale. Ses activités ont laissé des traces importantes dans les archives (Télécharger le pdf). Il existe également un petit fonds d’archives relatif à la branche américaine de la Fondation, dont le siège était à New York. (Télécharger le pdf)
- Commission des Réclamations artistiques de la Belgique contre l’Autriche - Après la Première Guerre mondiale, une commission fut mise sur pied, à la suite des Traités de Versailles et de Saint-Germain-en-Laye, pour réclamer le retour des œuvres d’art belges qui avaient été emmenées à Vienne au moment de l’invasion française de 1794. Plusieurs personnalités du musée furent directement impliquées dans les travaux de cette commission, notamment pour réclamer la restitution des armes et armures provenant des collections du musée de l’arsenal du Coudenberg. (Télécharger le pdf)
- Commission royale belge des Échanges internationaux - Actif entre 1871 et 1921, cet organisme avait pour mission de sélectionner les œuvres d’art les plus significatives du pays, d’en réaliser des copies (principalement des moulages) et d’échanger celles-ci contre des moulages venant de l’étranger. Cette commission est à l’origine de l’actuelle collection de moulages historiques des MRAH, ainsi que de l’atelier de moulage, encore actif aujourd’hui (inventaire en préparation).